אין הסבר מדעי איך כיצד פועלת הרפלקסולוגיה.

לא ידוע איך האנרגיה המדוייקת זורמת האזורי האורך, אף על פי ניתן לראות שינויים בתפוצת האנרגיה סביב

אזורי הרפלקסים, בעזרת שימוש בצילום קריליאן של כפות הרגליים וכפות הידיים. שיטת צילומי קריאליאן פותחה על ידי שני רוסים,

סמיון  וולנטינה קריליאן, אשר עבודתם החלהב-1939  וזכתה בסופו של דבר להכרה לאומית בברית המועצות בשנות השישים

זוהי שיטה של צילום מתח גבוה, או צילום חשמלי, השונה מאוד מצילום רגיל.

במונחים כלליים, נמצא שטיפול רפלקסולוגי משפר את זרימת הדם, ובכך יש תועלת, מאחר שזרימת דם מוגברת משפרת הן את תובלת החומרים המזינים,

החיוניים בגוף, והן את העברתם של חומרי פסולת למערכת ההפרשה לצורך סילוקם מן הגוף . קיימת גם השפעה חיובית על מערכת העצבים, מאחר

שטיפול  רפלקסולוגי מסייע להפחית מתח עצבי, המצוי לעיתים קרובות בשורשן של אחוז גדול מן המחלות המודרניות.

בנוסף לכך, הטיפול יסייע לעורר את כוחות הריפוי אשר כבר נוכחים בגוף, אך ייתכן שאינם פועלים . העובדה כי כוחות ריפוי מעין אלה מצויים בגוף עשויה להיחשף

בעובדה , כי כאשר מדובר במחלות קלות , יכול הגוף לרפא את עצמו גם אם לא נעשה דבר על מנת לנסות ולטפל בבעיה - הגוף שואף ללא הרף

לשמר את איזונו. טיפולים טבעיים, כגון רפלקסולוגיה, עשויים להמריץ את כוחות הפנימיים של הגוף לצאת לפעולה, ולעתים קרובות יסייע צעד זה

להאיץ את תהליך ההחלמה.

הוויכוח עדיין קיים בשאלה, האם השיטה פועלת על מערכת העצבים,על מחזור הדם, על המערכת ההורמונלית, על מערכת הלימפה,

או באמצעות מערכת אנרגיה העשויה אף להיות זהה לזו העומדת בבסיס האקופונקטורה.השערות רבות הועלו, אך אף אחת מהן לא הוכחה עדיין.

בספרה"רפלקסולוגיה היום" כותבת דורין ביילי:

"אני מאמינה כי הדחף החשמלי פועל על הגוף באותה דרך שבהמשפיע גירוי באמצעות אור על רשתית העין. הוכח כי פעילותו של הספקטרום

המלא של האור על הרשתית, שבה נמצעים קצותיהם של העצבים האופטיים, יוצרת דחף חשמלי המגיע אל תחתית האפדן ( ההיפותלמוס ) ,

מועבר משם אל בלוטת יותרת המוח, ומשם מגיע אל הבלוטות הקטנות יותר, כשהוא מפעיל אגב כך את המערכות בגוף . אני מאמינה

כי העבודה על הרפלקסים משיגה תוצאות דומות."

זו אינה אלא תאוריה אחת.

יש האומרים כי השפעת הטיפול אינה אלא פסיכולוגית, ונובעת מן העובדה כי המטופל שוהה עם מטפל איכפתי, זה מול זה, במשך

כשעה, ו מ א מ י ן  כי הטיפול יסייע לו.  בנוסף לכך, במהלך פרק זה ישב המטופל בנוחות בלא לעשות דבר, ולכן סביר יותר כי יהיה רגוע,

וייתכן כי יש בכך כדי להסביר מדוע משתפרת הרגשתו של המטופל בעקבות הטיפול. אין ספק כי אסור לבטל היבטים אלה, אך גם גורמים אחרים חייבים להיות

כרוכים בהצלחת הטיפול - תהליכים אלה לבדם לא היו יכולים ליצור את ההתאוששות שאותה חווים מטופלים.

אף על פי שמדענים מסוימים מתקשים לקבל את יעילותה של שיטה, אלא אם כן קיימת סיבה מדעית מוכחת המסבירה מדוע מתקיימת יעילות זו,

יהיה זה אווילי להזניח שיטה כגון רפלקסולוגיה על בסיס זה בלבד. בין אם היא פועלת ברמה הגופנית , הנפשית או הרוחנית, התוצאות המצוינות שניתן

להשיגן, ואשר רבים מוכנים להעיד לגביהן, מורות כי השיטה אכן פועלות. יש לקוות כי בשנים הבאות, תתגלנה הוכחות בנוגע לאופן שבו פועלת

הרפלקסולוגיה .